Jacques Rupnik intègre Sciences Po en 1972. Entre 1977 et 1982 il est spécialiste de l’Europe de l’Est au BBC World Service. De 1990 à 1992 il conseille l’ancien président de la république tchèque Vaclav Havel, durant l’effondrement de l’URSS. Il occupe un poste de directeur exécutif de la Commission internationale pour les Balkans à la Carnegie Endowment for International Peace de 1995 à 1996. Il est membre du conseil scientifique de l’Institut des relations internationales à Prague de 2007 à 2017. Et est membre du Conseil de l’Institute for Historical Justice and Reconciliation à La Haye de 2010 à 2017.