En 1974, Miguel Moratinos intègre le ministère des Affaires étrangères. Quatre ans plus tard, il devient directeur de la section de coordination pour l’Europe orientale du ministère des Affaires étrangères. Il reste en poste un an, puis est nommé à l’ambassade espagnole en République fédérale socialiste de Yougoslavie jusqu’en 1984. Cette année, il est désigné conseiller politique à l’ambassade d’Espagne à Rabat au Maroc, et conserve ce poste jusqu’en 1987. À la suite de cette carrière diplomatique, il fait son retour en Espagne, comme sous-directeur général pour l’Afrique du Nord du ministère entre 1987 et 1991, avant d’être nommé directeur général de la Coopération avec le monde arabe jusqu’en 1993. Par la suite, il occupe, jusqu’en 1996, le poste de directeur général de la Politique extérieure pour l’Afrique et le Moyen-Orient. En juin 1996, Miguel Ángel Moratinos est nommé ambassadeur d’Espagne en Israël. Il acquiert le grade d’ambassadeur le 24 février 2021 sur proposition de la ministre des Affaires étrangères Arancha González.